朱载坖就不信了，自己手握五十万两巨资，还整不出来一支像样的水师。朱载坖和俞大猷等人商量了起来，先拿出二十万两，十万两用于整顿船厂和修造各种快船，另外拨付十万两，用于直接用民间采购福船和广船，充实浙直水师。
同时，针对浙直水师分散的现状，朱载坖认为应当设立提督浙直等处水师军务总兵官事兼领海盗、缉私这一职务，将浙直两地的水师都集中起来使用。
快船、小船，用以近海防御，远洋福船、广船用以远海巡弋，防备倭寇。朱载坖的本意是集中浙直的水师，统一使用。
但是戚继光和俞大猷都不同意这样的做法。原因也很简单，现在水师地位低下，尽管按照朱载坖的设置，这个提督浙直军务，也是总兵，但是在戚继光等人看来，这个水师提督的成色，是远远不如镇守一地的总兵重。
同时，现在大明水师的任务还仅仅是在近海扫荡倭寇，没有远洋作战的需求，由于现在的通讯手段，提督两地水师，根本没有办法作出迅速的反应。
这点确实是个问题，不过朱载坖要做的是将水师独立成军，加强水师的地位，所以朱载坖和两位总兵商量了之后，决定在浙江和南直隶将所有的水师编为一协，称为南直隶、浙江镇左协，本来按照朝廷规定，一协的主官是副将，但是朱载坖为了加强水师的地位，水师左协都有由总兵兼任。
这样的话，总兵的权力就大为增加了，除了总兵直辖的中军和中协外，还将水师也直接纳入镇守总兵的管辖范围。
同时朱载坖还要求俞大猷等人制造五十条万石以上载重的沙船，用以运送军粮等物。同时也是试办漕粮海运的准备。
和两位总兵谈完之后，朱载坖回头准备向嘉靖上密疏。
在密疏中，朱载坖详细说明了自己最近的各种行为，同时将自己的看法对嘉靖阐述了一下。
朱载坖认为现在海禁还是必须的，原因也很简单，即便是现在大明开放海禁，朝廷也无法从中获利。大明现在的情况，连个商税都征收不到，还谈什么关税呢？所以一旦真的放开海禁，得利的绝对不会是朝廷，而是这些依靠走私赚取巨额利润的黑心商人。
朱载坖所以建议，在朝廷没有建立起可靠强大的水师之前，坚持海禁，同时与王直合作，通过王直由朝廷直接赚取贸易的巨额利润，利用王直剿除倭寇，打击其他的走私商人，给朝廷发展水师赢得时间。
对于王直其人，朱载坖认为他身上的商人气息十分浓厚，现在看来还是可以利用的。只要大明抓住机会发展水师，官军水师对王直的船队构成压倒性优势，王直绝对不敢起什么异心，能够为大明所用。
对于倭国，朱载坖也详细向嘉靖阐述的自己的看法，倭寇出产黄金白银和铜，这些都是大明现在所需要的，况且倭国物资匮乏，需要从大明进口茶叶、丝绸、布匹，这些生意，朝廷不做，这些走私商人也会去做，天予不取，反受其咎，与其如让这些不法商人获利，还不如由嘉靖把这个钱挣了呢。
同时为了向嘉靖重视水师，朱载坖向嘉靖详细说明了水师的作用。首先当然是剿除倭寇，防止倭寇的袭扰，其次就是打击走私，现在既然皇室要和王直做生意，那么走私的商人就是侵夺皇室的利益，走私每少一两，嘉靖就多挣一两。还有就是制衡朝廷和王直，只有朝廷的水师足够强大，才能在和王直的谈判中取得主动权。
朱载坖最后还提了漕运改海的事情，虽然一直有人认漕运是百万漕工衣食所系，废漕改海断然不许。但是实际上，海运不但比漕运更加方便省钱，在大明也是使用过的。
元朝长期以来是利用海运来运输军队与物资，这得益于元朝强大的舰船制造技术以及对制海权的牢牢把控。在太祖剿灭在辽东的北元残余势力时，，明军通过海运输送了大量的军队与物资，漕运只负责从农业发达的江浙湖广等地区向辽东运输粮草。
不少臣子们认为，海运时间长，风险大，而且易受天气与潮水影响的弊端显得越来越严重。除此之外，海运极易受到海盗贼寇的掠夺侵扰，为了保护运输船只，还要专门配备军队沿途护送，军队的开支又是一笔钱。
但是漕运的损耗和贪污实在是过于庞大，而现在大明本身就要发展水师，反正钱已经花出去了，用于护航海运也没什么不可，海运的损耗肯定是漕运所不能比的，而且海运都是近海航行，风险其实很低，远没有这些大臣们说的那么可怕，所以朱载坖请求嘉靖，制造用于海运的沙船，运输漕粮。
同时此举也是为了掩人耳目，皇室和王直做生意，是见不得光的。如果大量的货物在东南交割，很难不被东南士绅们查知，一旦被他们得知，肯定会沸反盈天的闹事，到时候被动的就是嘉靖和朱载坖了。
所以朱载坖建议，以试验海运漕粮为名，将物资转运到天津与王直交割，嘉靖对于天津的控制肯定是很强的，无论是锦衣卫还是东厂，都可以最大限度的保证消息不外泄。
朱载坖将给嘉靖的密疏写好后，就通过锦衣卫的急递送走了。
现在对于朱载坖来说，就是等待了。海瑞和赵贞吉的清丈田亩、裁汰僧人，其实并不需要朱载坖去做什么，朱载坖只是在苏州坐拥重兵，为他们撑腰即可。
朱载坖现在主要是在等蒋洲回来，朱载坖觉得，王直肯定会亲自前来的。作为一个颇为胆大的商人，这么大的生意，王直不可能就这么放过这个机会，他肯定会亲自前来，探明虚实后再说，王直要是连这点胆量都没有，也就不配做这个生意了。