艾玛·罗素历经艰辛，终于完善了奥卡系统。随后，她携爱女麦迪森·罗素踏上了前往中国云南帝王前哨站的征途。
抵达之际，奇迹般的一幕映入眼帘——幼虫形态的魔斯拉自蛋壳中优雅孵化，预示着自然界的又一重生。
然而，好景不长，艾伦·乔纳率队突袭基地，不仅掳走了艾玛母女与奥卡装置，更不慎释放了初生的魔斯拉。魔斯拉在壮丽瀑布之下，缓缓结茧，静候蜕变之刻。
与此同时，帝王组织的核心成员正出席政府听证会，突如其来的警报打断了会议——云南基地遭遇不明袭击。
他们立即中断议程，芹泽等人更是马不停蹄地寻找隐居的马克·罗素。在情与理的双重呼唤下，马克决定重出江湖，一为解救挚爱妻女，二为防止奥卡系统落入恶人之手，成为操控怪兽的工具。
乔纳一伙则将艾玛与麦迪森囚禁于南极前哨站，企图利用她们达成不可告人的目的。
另一边，科学家们察觉到南极冰封下的基多拉可能出现了异变，遂乘坐旗舰“阿戈”紧急前往探查。
南极之战一触即发，马克在混乱中终于与妻女重逢，但艾玛却做出了令人震惊之举——她启动了起爆装置，炸碎了基多拉的冰封囚笼，释放出这头古老邪神。
就在这千钧一发之际，哥斯拉从深海中破浪而出，与基多拉展开激烈交锋，为人类争取了宝贵的撤离时间。基多拉虽暂时撤退，却留下薇薇安博士牺牲的沉痛代价。
幸存者们转战墨西哥前哨站，却意外遭遇泰坦巨兽拉顿的现身，而基多拉亦紧随其后。面对强敌压境，众人决定利用两兽间的自然冲突进行救援。
拉顿虽英勇应战，却终究不敌基多拉的强大力量，迅速败下阵来。基多拉转而追击“阿戈”号，危机再次降临。关键时刻，哥斯拉再次挺身而出，与基多拉展开了一场惊天动地的大战，甚至咬下了基多拉的一个头颅。
然而，人类的干预却带来了意想不到的转折——一枚新型大规模杀伤性导弹命中战场，意外终结了哥斯拉的生命，而基多拉却奇迹般地恢复了伤势，甚至再生了失去的头颅。
基多拉的愤怒彻底爆发，它唤醒了地球上沉睡的多只巨兽，命令它们肆意破坏，世界陷入前所未有的灾难之中。
目睹这一切的艾玛震惊不已，麦迪森愤怒地质问母亲，母女关系因此降至冰点，不欢而散。在这场人与自然的较量中，未来的走向充满了未知与变数。
正当众人陷入绝望的深渊，一筹莫展之际，陈艾琳博士的非凡发现犹如曙光初现，揭示了基多拉那古老而神秘的起源。
这一发现不仅震撼了所有人，更让他们恍然大悟——哥斯拉的“死亡”竟是一个误判，因为只有它，才是制衡基多拉那毁灭性力量的唯一希望。
与此同时，之前静静蛰伏、自我蜕变的魔斯拉幼虫，终于羽化成为绚烂夺目的成虫，振翅高飞，穿越天际，直奔浩瀚海洋。
其悠扬而深沉的鸣叫声中，似乎蕴含着某种不可言喻的信息，引导着科学家们捕捉到了一丝微妙而坚定的生命脉动——哥斯拉，并未真正离去。
为了唤醒并强化这位沉睡的守护者，帝王组织毅然决然地制定了一项大胆而冒险的计划：携带核弹头深入哥斯拉的疗伤之地，助其快速恢复。
潜艇悄无声息地潜入深邃的海底，向着哥斯拉的隐秘洞穴进发。然而，就在即将抵达的那一刻，意外突生，鱼雷发射系统竟突发故障，无法启动。
面对这突如其来的困境，芹泽博士展现出了非凡的勇气与决心。他毅然决然地独自乘坐小型潜艇，手提着那颗决定命运的核爆装置，踏上了寻找哥斯拉的征途。
在一片充满未知与危险的深海之中，芹泽博士穿越了时间与空间的界限，来到了一个蕴藏着无数远古文明遗迹的神秘之地。
在这片遗迹的深处，芹泽博士终于见到了虚弱的哥斯拉。那一刻，他没有丝毫犹豫，毅然决然地引爆了核弹头。
随着震耳欲聋的爆炸声响起，一股前所未有的能量波动瞬间弥漫开来，仿佛唤醒了沉睡中的古老神只。
而哥斯拉，在这股力量的洗礼下，全身沐浴着耀眼的光芒，瞬间恢复了满满的能量，犹如重生般冲出海面，踏上了与基多拉决一死战的征途。
在基多拉势力的威胁下，麦迪森展现出了非凡的智慧与勇气，他成功携带奥卡装置从戒备森严的基地中脱险而出。
随后，他巧妙地利用波士顿红袜体育场的庞大广播系统，播放出一段能够安抚巨兽心灵的特殊音频，奇迹般地让狂暴的怪兽们逐渐恢复了平静，这一壮举令人叹为观止。
与此同时，艾玛在深思熟虑后，毅然决然地选择了与原本的计划分道扬镳，放弃合作之路。乔纳见状，深知局势已按预期发展，便大度地放艾玛离去，展现了他的深谋远虑与宽容之心。
正当一切看似趋于平静之际，基多拉那庞大的身影却猛然间向体育场逼近，一场突如其来的危机笼罩了所有人。
在体育场内，艾玛与死神擦肩而过，基多拉的致命攻击几乎将她吞噬，幸得命运眷顾，她惊险脱险。
紧接着，天空之霸主基多拉与海洋的愤怒哥斯拉再度相遇，两者间的宿命对决一触即发，震撼天地的战斗瞬间点燃了整个天空。
帝王组织见状，迅速调集大量武装力量，誓要协助哥斯拉守护这片土地。战场上，炮火连天，却也难掩两大巨兽间那惊心动魄的较量。
不久之后，自然界的守护者魔斯拉与天空的流浪者拉顿也相继加入了这场混战，它们的到来为战局增添了更多的变数。
在这场混战中，麦迪森趁机利用混乱逃脱，而马克等人则在历经波折后终于与艾玛重逢，并成功找到了控制奥卡系统的关键装置，为接下来的战斗埋下了伏笔。