虽然知道了有人利用超能系宝可梦,可是不知道在哪里,这就是小新他们苦恼的事情。
    小霞:“不知道波克比怎么样了,不知道他有没有好好吃饭,现在不知道是不是已经寂寞得呼唤我。”
    小智:“居莎小姐,我们快点来找超能系的宝可梦吧,我相信我的皮卡丘一定也在那个地方。”
    居莎小姐:“也对,我知道了。”
    小新:“对了,大木博士麻烦你把耿鬼送过来。”
    大木博士:“我明白了,你等一下。”随后耿鬼被大木博士送了过来。
    “出来吧耿鬼。”小新放出了耿鬼,耿鬼一出现就抱住了小新“好了,好了我们走吧。”所有人开始了寻找。
    另外一边,武藏和小次郎本来在跟喵喵吵架喵喵突然失去了控制跑到了一个神秘工厂。喵喵顺着管道来到了亚玛多和小三郎面前。
    喵喵:“喵!你们找我？主人。”
    亚玛多:“啊,这只喵喵会讲话耶。”
    小三郎:“搞不好……。”小三郎刚说完武藏和小次郎也下来了。
    小次郎:“腰好痛啊。”
    亚玛多和小三郎:“果然没错。”
    武藏和小次郎:“啊!”
    武藏:“亚玛多？”
    小次郎:“小四郎？”
    小三郎:“不对……我是小三郎。”
    武藏:“你们为什么会出现在这个地方呢？”亚玛多和小三郎说完又开始自我介绍以下省略。最后发生了争斗不过亚玛多的小三郎派出了催眠貘控制住了武藏和小次郎的宝可梦随后把他们赶了出去。
    等他们醒过来小智和居莎小姐出现在他们面前。
    武藏:“啊!小鬼头？”
    小智:“火箭队,你好。”而小霞在帮小次郎包扎不过嫌弃起来,被小霞一个眼神吓了回去。随后在小新他们的劝说下他们同意带我们去。
    而武藏他们两个带着一车精灵球,经过亚玛多和小三郎的同意进入了基地。
    亚玛多:“你们怎么突然改变心意了？”
    武藏:“做事别那么绝情吗。”
    小次郎摇晃着白旗说道:“就算啊,这次呢我们是输的心服口服了。”
    亚玛多:“你们两个是不是有什么阴谋？”
    武藏:“你在说什么呀,亚玛多太没礼貌了吧。”
    小次郎:“是啊,收下我们的礼物吧。”随后把车子推了过去。
    亚玛多和小三郎:“什么！”随后几个人从车子里出现。
    居莎小姐:“你们两个人现在被逮捕了。”
    小智:“把我的皮卡丘还给我。”
    小霞:“把我的波克比还给我。”
    小刚:“火箭队,你们跑不掉的!”
    小建:“做好觉悟吧。”
    但亚玛多和小三郎不慌,则是放出了催眠貘。
    小三郎:“你们做坏蛋的还跑去帮警察这样会让人看不起的喔。”
    武藏:“你在说什么傻话呀。应该说警察成为我们的手下了。”
    小智:“宝可梦根本不是道具是朋友!”
    亚玛多:“催眠貘对宝可梦下达攻击命令。”
    小新:“耿鬼去吧。”
    居莎小姐:“鬼斯去吧。”