在广袤宇宙的银河系中，有着一个美丽的恒星系统，她有着八颗行星以及一条小行星带，其中位于第三轨道的行星甚至还有过文明，可现在，这些，都是过去式了。
地球上的人类，在科技发展到了一个极限之后，获得了神灵一般的力量，他们可以随意修改生物的基因，甚至复活了恐龙这种远古生物。
在曾经的地球上，存在着两个相互对峙的超级势力——地球联合国和地球联邦。
两大势力因为科技等级相等，所以长时间的对峙之下没有任何实质性的进展，直到有一天，一颗陨石从天而降，带来了一种神奇的物质——能量元素。
地球联合国和地球联邦相继将能量元素提取出来，并将其与原本的地球科技结合，研发出了全新的泰克科技，使人类文明再一次产生了飞跃。
但是，能量元素，却是一瓶慢性的毒药，在人类尚未察觉的时候，悄悄地将勒死人类文明的绳子系了上去……
能量元素的腐化，开始了。
那一日，人类惊恐地发现，原本听从自己的生物突然变得狂暴，还被一种黑紫交加的物质覆盖了，实力比之前还要强大。
当他们想要使用泰克装备逃离时，却发现有一部分泰克装备也遭遇了腐化，穿戴者仅仅片刻之后，便沦为了腐化集群意识中的一员。
当人类两大势力高层发现这种事情后，立马做出了不同的选择。
人类联邦制造了一艘名为“创世纪”的史诗级世代飞船，由两个巨大的生态圈组成，每个生态圈由上百座大小媲美一座大城市的生态区填充，中间有一个连接用的超大型太空站整艘飞船呈圆环状，直径达到了恐怖的一千二百公里，足足有地球的十分之一大小。
同时，创世纪飞船是一艘史诗级的方舟世界舰，是人类的材料学和生物学融合而成的极尽巅峰之作，装配有强大的跃迁引擎，后方巨大的六片叶状结构能够吸收宇宙空间中的所有可用的能量，等到吸收到足够的能量之后，创世纪飞船便会启动跃迁，前往标记好的星系。
可惜的是，地球联邦并不知道创世纪这艘世代飞船里混进了腐化的力量，这就导致创世纪飞船在起飞离开太阳系之后便爆发了腐化，导致一个生态圈被腐化占领，另一个生态圈的生态区几近全部荒废，人类的痕迹全部消失，只有和创世纪飞船一同起飞，用于培养开荒者的“创世模拟飞船”还存在着大量沉睡的人类，可如果他们不尽快通过创世模拟系统的测试，这艘飞船被腐化顺藤摸瓜找到并摧毁，也只是时间问题。
腐化爆发之时，人类只预设了八个星系的坐标，所以在创世纪飞船的人类灭亡之后，创世纪飞船的系统只能盲目地按照数据库里的八个坐标来回折跃，不过好在这八颗星球都是死寂星球，并没有引起腐化的兴趣，所以腐化才没有进一步扩张。
而在地球上的地球联合国，则是选择了建立方尖碑，用以防御腐化并将其净化，不过很显然，他们的行为根本没有奏效。
地球联合国很快就明白方尖碑并不能完全阻止腐化，所以经过商讨后做出决定——制造以方尖碑为核心的名为“方舟”的大型空间站投放到太空中，使用大规模的“方舟”作为节点，制造一层笼罩地球的防御网络，防止来自外太空的腐化再次入侵。
此外，还在“方舟”之中设置了生命培养系统，方舟的管理者——智能机器人监管者会定期培养一批生物投放到方舟之中，并且根据具体情况对生态进行调整。
同时，监管者还不断地根据自己数据库中保存的人类基因制造人类克隆体，这些克隆体的基因来自地球上生活过的所有时期的人类，但这些克隆体并不知道自己的真实身份，仍然认为自己是真正的人类。
这些克隆人会在方舟之中进行试炼，等到试炼结束之后，便会前往下一个方舟，直到他们的力量被所有方舟的监管者认可之后，就会被传送回到地球，将地表上的腐化清理干净，然后承载着所有地球生物基因的方舟便会重新回到地表，将生命的种子再度洒遍地球。
在这些克隆人中，存在着许多杰出个体，比如海莲娜，李美盈，罗克韦尔等。
在最初的孤岛方舟之中，现代生物学家海莲娜与近代科学家罗克韦尔，兽群女王李美盈结识，并且海莲娜和罗克韦尔在经历了一系列事情之后击败了孤岛方舟的三大boss以及方舟的监管者，来到了焦土方舟，而李美盈则是传送到了畸变方舟。
焦土方舟的故事并没有什么好说的，只是因为这里的克隆人没有上进心导致监管者多次重启方舟，因而环境极其恶劣。
在焦土，海莲娜与结识的伙伴一同击败监管者，因为自己的伙伴不愿离开焦土，于是只和罗克韦尔来到了畸变方舟。
在畸变方舟之中，来自地球联合国的飞行员戴安娜和来自地球联邦的圣地亚哥因为生存而联合在一起，以两人为首的势力使用了一个威力巨大的炸弹杀死了畸变的监管者，同时导致畸变方舟的防护罩被破坏，大量宇宙辐射进入，于是畸变方舟的人类此后无法在白天前往地表。
圣地亚哥之后制造了一个可以传送回地球的传送器，外观是一大堆贯穿了整个方舟连成一条线的圆环。
而李美盈传送到畸变方舟之后，与戴安娜圣地亚哥结识，成为了他们中的一员。
之后，海莲娜和罗克韦尔到来，与李美盈重聚，加入到了戴安娜等人的部落之中。
在畸变方舟之中，罗克韦尔因为心理的缺陷导致心理疾病，为了获得更强大的力量，往自己的身体注射了腐化，海莲娜等人想要阻止他，可是为时已晚，当他们发现罗克韦尔之时，他已经变成了一个畸变的怪物。
最后，海莲娜等人将罗克韦尔击落深渊，但还未来得及确认罗克韦尔的生死，海莲娜便察觉到了畸变方舟即将迎来重启，为了活命，圣地亚哥启动了传送器，将部落传送到了已经被腐化占领的地球。
回到地球之后，海莲娜等人依托之前人类制造的方尖碑维持的几个生态圈生存了下去，但圣地亚哥却在一次出行时遭到了泰坦的袭击。
为了能够在被腐化占领的地表存活下去，圣地亚哥准备设计了一款强大的机甲，同时还有机甲的合体形态力神机甲，用来对付腐化的泰坦，以及腐化集群意识的掌控者，泰坦之王——君王泰坦。
而圣地亚哥等人不知道的是，在他们思考如何对付腐化，让太空的方舟重返地球，让死寂的母星重新布满生命的痕迹时，在太阳系的最外围，一群比起腐化更加可怕千百倍的天灾般的生物，已经降临了！
……
“坐标校正中……”
“折跃已结束！退出折跃状态！”
青古眼前扭曲的时空重新变为正常状态，扭曲成一堆线段的繁星也终于是变回了星光璀璨的星空。
“君王泰坦，进行自检！”
青古没有下其他命令，而是首先让君王泰坦自检。
“生物聚变引擎自检完毕！状态良好！”
“外层角质防御层自检完毕！状态良好！”
“飞龙孵化仓自检完毕！状态良好！”
……
“孢子投射器自检完毕！状态良好！”
这次的君王泰坦和青古可就没有第一次折跃时那么狼狈了，君王泰坦这次有了生物灵能折跃信标，同时自身实力加强，因此在折跃过程中避开了绝大多数的空间乱流，就算是误入少量小型的空间乱流受伤，凭借强大的自愈能力也可以迅速恢复。
“君王泰坦，使用灵能探测，我需要尽快获取我们所处恒星系统的星图！”
青古通过君王泰坦的神经膜上目前显示出来的根据身上诸多感受器官探测到的信息合成的图像，通过远方一颗暗淡到只比星空上的繁星亮上些许的恒星，可以判断出自己目前正处于一个恒星系统中。
君王泰坦在得到命令之后便大范围释放出了灵能进行探测，因为灵能这种东西能够在一定程度上进入高维空间，因此不必受限于光速。
“变异50只微型原子喷射者！200只可以发射原子喷射者的磁轨加速者！”
青古也是没有闲着，让君王泰坦体内的虫巢变异了一支高质量的迷你舰队，资源立马下降到了八亿多的晶体和十一亿瓦斯。
而君王泰坦两旁的空投为也是很快飞出了一大群软体采集者，其中软体采集者还携带着正在不断膨胀的虫茧。
“变异1000个悬浮虫巢！”
青古大手一挥，又是上千只软体采集者原地结茧，开始不断膨胀起来。
目前的虫群处于恒星系统外围，只能看见一些小块的陨石，还没有遇到大型的天体，不如变异一些悬浮虫巢，既能够生产虫群，在遇到气态巨行星之后还能直接进入采集瓦斯。
就算是遇到了固态物资，悬浮虫巢也可以进行转换，虽然固态物资的转换效率不如普通的孵化场，而且虫群效率比起主巢还要弱上一些，可是加上君王泰坦体内的虫巢，供目前的虫群使用还是足够了。
然而就在这时，青古突然想到了一些事情。
“阿巴瑟，你有没有发现，虫群在传奇宇宙的太阳系，获得的资源，比想象中要多？”
而青古前方的神经膜也换成了阿巴瑟从进化坑之中钻出来的影像。
“进化抗热基因，虫群，适应性加强，可采集星核，气态行星，资源利用效率高。”
青古明白阿巴瑟的意思，就是说虫群在传奇宇宙获得了抗热抗压的基因，能够采集星核以及气态巨行星的资源，而之前的虫群只能采集星球浅层的资源，因此可采集的资源增加了。
“可我记得大型利维坦的制造不是需要采集数颗行星星核的能量吗？为什么虫群不从利维坦吸取行星能量的吸取管里抽取抗热抗压基因呢？”
青古突然又想起来，虫群的大型利维坦制造需要吸收行星星核的能量才能制造吗？那吸收能量的吸收管不就有抗热抗压的基因吗？可是为什么在科普卢却没有抽取利维坦吸收管的基因让普通虫群生物获得这种能力？
“利维坦，基因序列，存在加密，无法破解！”
“无法破解？”
听到阿巴瑟的话，青古突然想到了什么。
“埃蒙！你真是好算计啊！”
青古狠狠敲了一下自己王座的扶手，把一切都想明白了。
利维坦的基因序列当初被纳鲁得动过手脚！怪不得埃蒙当初说要让纳鲁得帮自己改造贝希摩斯！竟然是为了防备当初完全处于他掌控下的自己！？
“原来如此！我说埃蒙当初怎么那么好心——等等！星灵的科技树！？”
青古突然又想到了星际宇宙星灵的科技，不也是这样吗？制造大型母舰需要行星星核的能量，当初制造亚顿之矛更是直接轰碎了一颗流浪恒星将抛洒出来的恒星物质做成了亚顿之矛的动力源，可是星灵却也没有直接采集星核资源的技术。
“这到底是为什么？就算是埃蒙给星灵的科技树的问题，可是星灵就没有自己研究过吗？是不能，还是不想？按照那帮家伙的荣耀至上的心理未必不是没可能，可是自己当初占领艾尔之后星灵明明已经开始了不光不顾的疯狂暴兵模式，就算是最刻板的星灵也愿意为了重夺艾尔而抛弃部分荣耀，而当时的艾尔星灵和奈拉齐姆星灵合作之下科研进展迅速，想要研发抽取星核能量的机器不成问题，为什么就是没有研发出来呢？”
就在青古越想越深时，君王泰坦的灵能探测报告出来了。